Warum und wie die Leitungswasser-Iontophorese Patienten mit Hyperhidrose im Detail hilft, ist bis heute genauso wenig bekannt wie die Frage, warum die Wirkung bei einigen Patienten nach einiger Zeit nachlässt oder sogar nicht mehr bemerkbar ist. Dies gilt aber auch für die Anwendung vieler anderer physikalischer Verfahren bei anderen Krankheiten – letztlich zählt der Erfolg. Dieser wird am Nutzen-Risiko-Verhältnis gemessen und ist im Rahmen der Anwendung der Iontophorese auch deshalb ausgesprochen gut, weil so gut wie keine Nebenwirkungen zu erwarten sind. Nebenwirkungen wie Kribbeln und Prickeln der Haut sind meist auf fehlerhafte Anwendung zurückzuführen.
Wegen der technischen Voraussetzungen ist die Iontophorese vor allem für Patienten mit Hyperhidrose an Händen und Füßen geeignet. Diese werden im Rahmen der Anwendung in zwei mit normalem Leitungswasser gefüllte Wannen gehalten, die per Kabel an ein Steuergerät angeschlossen sind, das schwachen Gleichstrom erzeugt, der durch die Hände, bzw. Füße fließt. Eine Wirkungstheorie besagt, dass hierdurch bestimmte Zellen in der Schweißdrüse blockiert werden und somit die Schweißmenge reduziert wird.
Relativ neu sind Schwämme, die für den gleichen Zweck in die Achselhöhlen eingelegt werden. Die Wirkung ist aber erstens sehr viel geringer, zweitens ist die Haut in diesen Bereichen sehr viel empfindlicher und kann deshalb auch mit Reizungen und Verbrennungen reagieren.
Die Iontophorese wird zu Beginn mindestens 5 x wöchentlich angewendet. Dabei wird die Stromstärke so gewählt, dass sie vom Patienten ohne Nebenwirkungen toleriert wird. Ist die gewünschte Wirkung eingetreten, werden die Anzahl der Tage und Stromstärke so adaptiert, dass das Ergebnis bestehen bleibt.
Die Iontophorese kann nicht angewendet werden, wenn im Körper elektronische oder metallhaltige Implantate wie z.B. Herzschrittmacher, Schrauben, Knieersatz  oder z.B. zur Verhütung eine Spirale eingesetzt sind. Eine bestehende  Schwangerschaft ist eine absolute Kontraindikation für die Iontophorese.
Wie die meisten Therapieformen ist auch die Leitungswasser-Iontophorese mit anderen Therapien der Hyperhidrose kombinierbar. Dies gilt insbesondere auch für die während der ersten vier Behandlungsstufen als Basistherapie eingesetzten 3 x 600 mg Salbei pro Tag. Diese werden in jeder der ersten vier Behandlungsstufen erst dann abgesetzt, wenn sicher fest steht, dass eine Wirkung ausgeblieben ist.
Die ersten, testweisen Anwendungen der Leitungswasser-Iontophorese werden in der Regel in einer dermatologischen Praxis vorgenommen. Zeigen diese Anwendungen den gewünschten Erfolg, übernehmen Krankenkassen die Kosten für ein Heimgerät.